为鼓励企业开展研究开发活动，新《企业所得税法》文件明确作出规定：“企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额；研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销”。但是以下十种情况，不能享受税收优惠。
一、财务核算不健全且不能准确归集研发费用的企业发生的研发费不得加计扣除。
二、非创造性运用科技新知识，或非实质性改进技术、工艺、产品（服务）发生的研发费不得加计扣除。但对企业从事研究开发活动而发生的研究开发费用支出允许加计扣除。
三、不属于税法列举的研发费用支出不得加计扣除。
企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》规定项目的研究开发活动，其在一个纳税年度中实际发生的下列费用支出，允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除：
1.新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费。
2.从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费。
3.在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴和补贴。
4.专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费和租赁费。
5.专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用。
6.专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。
7.勘探开发技术的现场试验费。
8.研发成果的论证、评审和验收费用。
四、委托外单位进行开发的研发费用，由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不再加计扣除。
《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第6条规定：“对企业委托给外单位进行开发的研发费用，凡符合条件，由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不得再进行加计扣除。”
五、委托外单位进行开发的研发费用，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。
六、纳税人未按规定报备的开发项目研发费用不得享受加计扣除的优惠政策。
企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。
企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用金额。对纳税人申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除。也就是说，研究开发费用的减免属于备案式减免，纳税人未按规定报备不得享受加计扣除的优惠政策。
七、企业集中研究开发的项目的研发费应在受益集团成员公司间进行合理分摊，各公司申请加计扣除时，应向税务机关依法提供协议或合同，对不提供协议或合同的，研发费不得加计扣除。
企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员间进行分摊。企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团应提供集中研究开发项目的协议和合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。
如不提供协议或合同，研究开发费不得加计扣除。企业集团采取合理分摊研究开发费，应当按照权利和义务、费用支出和收益分享一致的原则，合理确定研究开发费用分摊方法。企业集团采取合理分摊研究开发费用，企业集团母公司负责编制集中研究开发项目的立项书、研究开发费用预算表、决算表和决算分摊表。
八、研究开发费用划分不清的，不得享受加计扣除。
企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理地计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
九、超过5年仍未加计扣除的研发费用，不再继续扣除。
根据《企业所得税法》第18条规定：“企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。”《企业所得税实施条例》第10条规定“《企业所得税法》第5条所称亏损，是指企业依照企业所得税和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。”由此可见，企业不论当期是否亏损，都应当按实际发生的研究开发费用依法加计扣除。研究开发费用加计扣除后如果当期的应纳税所得额小于零，可以用以后年度实现的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。但当企业连续5年仍未弥补完的，不论未弥补完的是加计扣除还是非加计扣除所产生的亏损，均不允许继续弥补。
十、法律、行政法规和国家税务总局规定不允许在企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不得计入研发费用。
如《企业所得税法实施条例》第28条规定：”企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。”如果企业用财政拨款（财政拨款属于不征税收入）用于研究开发费用的支出，在企业所得税上是不允许扣除的，相应也不得享受加计扣除优惠政策。
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