日前，科技部、财政部、国家税务总局下发《关于开展高新技术企业认定管理工作检查的通知》（国科发火[2012]1220号）文件，决定在全国范围内开展对高新技术企业认定管理工作的检查。
本次检查的目的是保证全国高新技术企业认定管理工作的顺利实施和税收优惠政策的贯彻落实，维护国家政策的严肃性、统一性。文件要求各地应高度重视此次检查工作，精心组织、统筹安排，科技、财政、国税、地税部门抽调人员组成本地区联合检查组，科技行政管理部门牵头组织实施本地区自查自纠工作。
文件要求各地要妥善保存自查自纠过程中的相关材料，对检查中发现的问题应及时纠正，对违规的机构、个人应及时处理，对不符合条件的高新技术企业应取消资格，对自查自纠中发现的重大问题及时向领导小组办公室请示汇报。
一、基本内容
1、检查的对象
包括各地高新技术企业认定管理机构（以下称“认定机构”）、参与高新技术企业认定的中介机构（以下称“中介机构”）、参与高新技术企业认定的专家（以下称“专家”）和在有效期内的高新技术企业。
2、检查主要内容
包括认定机构工作开展情况及认定工作成效、中介机构出具审计报告及收费情况、专家出具评价意见及工作纪律情况、高新技术企业提交申请材料及享受税收优惠情况。
3、检查方式与时间安排
本次检查分为自查自纠与重点检查两个阶段。各地认定机构是自查自纠的主体，具体负责对本地区高新技术企业认定管理工作的检查。自查自纠时间：2013年1月1日至2013年4月30日。全国高新技术企业认定管理工作领导小组办公室（以下称“领导小组办公室”）根据各地自查自纠情况择机组织重点检查。
二、对高新技术企业的检查重点
1. 是否符合居民企业条件；
2. 是否将所属分支机构与总机构汇总计算相关指标，是否以分支机构单独申报；
3. 提交的知识产权、技术领域、研发活动、产品（服务）收入、研发费用归集、人员等申请材料是否真实、准确、完整，是否符合相关规定；
4. 是否按照规定及时报告了经营业务、生产技术活动等发生的重大变化信息；
5. 更名企业是否按照有关规定及时办理了相关事项。
三、本次检查中高新技术企业的认定条件
（一）核心自主知识产权
1. 核心自主知识产权是否是本企业申报前三年的1月1日起至申报日前获得；以独占许可方式拥有的知识产权是否是全球独占许可，并签订了独占许可协议；高新技术企业的有效期是否在五年以上的独占许可期内；
2. 核心自主知识产权范围是否符合规定要求，是否具有权属证明（授权通知书或授权证书）；
3. 核心自主知识产权是否对企业的主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用。
（二）研发费用归集
1. 企业是否按规定确认研发活动并如实填报《研究开发项目情况表》；
2. 企业是否按规定要求设置研发费用辅助核算帐目（明确要求），是否按规定分项归集并填写《企业年度研究开发费用结构明细表》；
3. 研发费用占销售收入之比是否符合要求；
4. 企业委托外部研究开发是否符合独立交易原则，是否超标准计入研发费用总额；是否将支付的特许权使用费作为委托外部研究开发费用；
5. 企业是否将接受委托的研发收入计入本企业的研发费用。
（三）高新技术产品（服务）及收入
1. 对企业的主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术是否属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；
2. 收入是否按照规定进行归集，高新技术产品（服务）收入是否达到规定比例；
3. 计入的高新技术产品（服务）收入是否与申报的高新技术产品（服务）相对应。
（四）人员
1. 企业当年职工总数的统计是否符合要求；
2. 科技人员、研发人员的统计、占比是否符合规定；
3. 是否将非本企业人员（不满183天）、本企业非研发人员计入科技人员、研发人员。
附：相关法律法规
1.《科技部财政部国家税务总局关于印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》（国科发火[2008]172号）（以下称“《认定办法》”）；
2.《科技部财政部国家税务总局关于印发<高新技术企业认定管理工作指引>的通知》（国科发火[2008]362号）（以下称“《工作指引》”）；
3.《关于认真做好2008年高新技术企业认定管理工作的通知》（国科发火[2008]705号）；
4.《关于完善中关村国家自主创新示范区高新技术企业认定管理试点工作的通知》（国科发火[2011]90号）；
5.《关于高新技术企业更名和复审等有关事项的通知》（国科火字[2011]123号）；
6.《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函[2009]203号）；
7.《关于高新技术企业境外所得适用税率及税收抵免问题的通知》（财税[2011]47号）。
8.《关于开展高新技术企业认定管理工作检查的通知》（国科发火〔2012〕1220号）
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