一、重点检查
对高新技术企业认定工作的检查加大了力度，按照《认定办法》的要求，科技部、财政部、税务总局可组织专家对各地高新技术企业认定管理工作进行重点检查，对存在问题的视情况给予相应处理。
新版《工作指引》采取随机抽查与重点检查双结合等方式，优化对高新技术企业的管理。
二、新增企业年报程序
企业获得高新技术企业资格后，在其资格有效期内应每年5月底前通过“高新技术企业认定管理工作网”，报送上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表；在同一高新技术企业资格有效期内，企业累计两年未按规定时限报送年度发展情况报表的，由认定机构取消其高新技术企业资格，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。这就意味着企业不仅仅要在申请高 新企业时达到申报要求，并且要在有效期的存续期内都要做好高新工作，否则将面临被取消高新资格的危险。
要求认定机构应提醒、督促企业及时填报年度发展情况报表，并协助企业处理填报过程中的相关问题。
三、新增复核程序
对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应以书面形式提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关按《税收征管法》及有关规定，追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。
具体内容如下：
对发生更名或与认定条件有关的重大变化不符合认定条件的，自更名或条件变化年度起取消其高新技术企业资格；跨认定机构管理区域整体迁移的高新技术企业，在其高新技术企业资格有效期内完成迁移的，其资格继续有效；跨认定机构管理区域部分搬迁的，由迁入地认定机构按照本办法重新认定。
已认定的高新技术企业有下列行为之一的，由认定机构取消其高新技术企业资格：
（一）在申请认定过程中存在严重弄虚作假行为的；
（二）发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的；
（三）未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计两年未填报年度发展情况报表的。
已认定的高新技术企业，无论何种原因被取消高新技术企业资格的，当年不得再次申请高新技术企业。
四、更名及重大变化事项
高新技术企业发生名称变更或与认定条件有关的重大变化（如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等），应在发生之日起三个月内（原为15日）向认定机构报告，在“高新技术企业认定管理网”上提交《高新技术企业名称变更申请表》，并将打印出的《高新技术企业名称变更申请表》与相关证明材料报认定机构，由认定机构负责审核企业是否仍符合高新技术企业条件。
企业仅发生名称变更，不涉及重大变化，符合高新技术企业认定条件的，由认定机构在本地区公示10个工作日（原来为15个工作日），无异议的，由认定机构重新核发认定证书，编号与有效期不变，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告；有异议的或有重大变化的（无论名称变更与否），由认定机构按规定的认定条件进行核实处理，不符合认定条件的，自更名或条件变化年度起取消其高新技术企业资格，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
五、异地搬迁
1、跨认定机构管理区域整体迁移的高新技术企业须向迁入地认定机构提交有效期内的《高新技术企业证书》及迁入地工商等登记管理机关核发的完成迁入的相关证明材料。
2、完成整体迁移的，其高新技术企业资格和《高新技术企业证书》继续有效，编号与有效期不变。整体迁移是指符合《中华人民共和国公司登记管理条例》第二十九条所述情况。由迁入地认定机构给企业出具证明材料，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
六、其他
1.有《认定办法》第十九条所列三种行为之一的企业，自行为发生之日所属年度起取消其高新技术企业资格，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
2.认定机构应依据有关部门根据相关法律法规出具的意见对“重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为”进行判定处理。
3.已认定的高新技术企业，无论何种原因被取消高新技术企业资格的，当年不得再次申请高新技术企业。
作者：明税律师事务所
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