2009年10月，江苏省启东市地税局稽查局对该市某制药有限公司下达了《税务处理决定书》和《税务行政处罚决定书》，责令追缴其2007年度逃避缴纳的企业所得税4493186.29元，加收滞纳金769612.51元，并处逃避缴纳税款额0.5倍的罚款2246593.15元。
启东市某制药有限公司系总部设在西安的某科技医药控股有限公司的子公司，是增值税一般纳税人。该公司是西安某科技医药控股有限公司的药品生产基地，其产品生产和销售均由西安某科技医药控股有限公司安排。2009年9月，启东市地税局稽查局接到群众举报，反映该公司在2007年度的企业所得税汇算清缴中有重大逃税问题，稽查局报经市地税局选案委员会批准后实施稽查。
该公司的生产经营规模较大，2007年度主营业务收入21343.41万元，账面利润额2536.26万元，已缴增值税2731.24万元，城建税189.52万元，购销合同印花税7.04万元，企业所得税43.52万元，购进国产设备抵免企业所得税税额793.448万元。
稽查人员查前认真分析了该公司2007年度的生产经营和财务核算状况，确定以费用支出、成本核算为重点，对企业所得税汇算清缴的内容展开了一系列深入细致的分析、核对和调查、取证工作，使逃税者的伎俩终现原形。
该公司的产品从出库起运到全国各客户地要经过2个环节：从该公司中转至西安某科技医药控股有限公司设在上海的储备中心，上海储备中心再根据西安某科技医药控股有限公司提供的发货目录运达全国各客户地。
按照财务制度规定，对该公司运至西安某科技医药控股有限公司驻沪储备中心的运输费用由该公司列支，而对从驻沪储备中心运达全国各客户地的运输费用则应由西安某科技医药控股有限公司列支。稽查人员从庞大的运输费用中经一笔笔核实、查准，该公司将应由西安某科技医药控股有限公司负担的运输费用合计3005794.1元，转移到本公司列支。由于江苏、陕西2省之间存在着税率差异和不同税收优惠等因素，故该公司企图以列支运输费用的手法达到调节两地利润、逃避企业所得税的目的。
该公司在企业所得税汇缴中，将以前年度提取的未作调整所得额处理的“在建工程——减值准备”1576789元，作调减所得额处理。稽查人员经查阅以前年度的企业所得税汇缴、检查资料，并未发现相关项目的调整计税所得额的记录，这是该公司掩人耳目、蓄意造假逃税的伎俩。
该公司经江苏省计经委批准，于2005年11月～2007年7月期间对固体制剂车间改扩建、制剂车间GMP技术改造，并报经启东市地税局批准准予用国产设备投产后的新增利润抵免技术改造总投资1983.62万元的40%的企业所得税计793.448万元。由于该公司2005年～2006年度弥补亏损后的计税所得额为零，故从2007年度开始抵免。稽查人员并未因有上级地税机关的红头文件，而忽视对该公司当时报批资料的审核。经对报批资料、生产车间的实物现场、购进发票等方面的缜密检查，找出了批文与实际的差异，发现“生产费用”科目中列支的进口设备购进额3852600元和未经报批的项目购进额1987460.61元。该公司企图鱼目混珠，逃避申报计税额5840060.61元。
根据旧的《企业所得税法》及其《企业所得税税前扣除办法》的相关规定，上述4项计税额13615716.04元，应依33%的税率追缴企业所得税4493186.29元。
根据《税收征管法》的相关规定，地税部门除依法追缴该公司逃避缴纳的企业所得税4493186.29元外，还从滞纳税款之日起加收万分之五的滞纳金769612.51元，并处逃避缴纳税款额0.5倍的罚款2246593.15元。所追缴的税款、滞纳金、罚款均已在限定的期限内入库。
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