一、 企业取得来自科技局、政府及相关管理部门，与研发项目有关的奖励补助收入，申报加计扣除时是否应当冲减研发费用？
答：《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2008〕116号）附件规定，从有关部门和母公司取得的研究开发费专项拨款应冲减研发费用后再计算加计扣除额。因此，企业的研发项目取得来自科技局、政府及相关管理部门的奖励补助款，应根据相关性原则，就所取得与研发项目（包括以前年度）有关的奖励补助款项冲减研发费用后计算加计扣除额。另外，要说明的是奖励补助款应按收付实现制的原则冲减。
二、 因研发进度慢，超过计划时间（立项注明的研发时间段）的研发项目，其产生的费用是否可归集到研发费用享受加计扣除？
答：《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（见国税发〔2008〕116号，下同）第四条规定，企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007）》规定项目的研究开发活动，在一个纳税年度内发生列举的八大费用项目，可按规定实行加计扣除；第十一条对企业应报送税务机关的资料也作了明确规定，包括研究开发项目计划书、研究开发费预算，研究开发项目立项的决议文件等。因此，企业研发项目有变动，应及时变更研发项目立项相关资料，并重新提供变更后的相关材料，经税务机关确认后，可按规定实行加计扣除。
三、在研发过程中发生的模具支出是否可归集到研发费用？
答：《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第四条第（六）款规定，专门用于中间试验和产品试制的模具支出才可加计扣除。这里强调模具支出的加计扣除仅限定“中间试验和产品试制”两个环节，因此企业“中间试验”环节发生的模具支出理应归集到研发费用中，而“产品试制”要区别试制和生产，少量投料试验叫试制（这里强调的是试验两字），试制的目的在于验证能否达到预期的质量和效果，批量投料叫生产，一般是在有确定的市场情况下发生，试制可归集到研发费用中，生产则应归集到产品成本中。因此，企业应区分模具支出发生的具体环节，按照上述原则进行费用的归集。
四、哪些人员的工薪支出可归集到研发费用？
答：《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第四条第（三）款规定，可记入研发费的仅限于在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴。这里强调的是“直接”两字，凡是没有直接从事研发活动人员的工薪支出均应从研发费用中剔除，对划分不准确的应从严掌握。同时要强调的是，从事研发人员的五险一金、差旅费、福利性质支出也应剔除。
五、企业是否必须设立专门的研发机构（场所），才能享受研发费用加计扣除？
答：为了准确核算研发费用，避免不必要的涉税风险，企业有必要设立专门的研究开发机构从事研发项目。如果没有设立专门的研发机构，根据《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第九条的规定，企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
六、企业发生的研发费用都可以加计扣除吗？
答：并不是所有研发费都可以加计扣除。根据《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第四条的规定，企业发生的费用支出属于列举的八项费用范围的，才可以作为研究开发费用加计扣除。《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第十条还规定，企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送相应资料。申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除。
七、企业进行多项研发活动的，应当怎样办理加计扣除备案？
答：根据《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第十条的规定，企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分项目归集可加计扣除的研究开发费用额，并分项目、分类（自行开发、委托开发、合作开发、集中开发）向主管税务机关办理加计扣除备案事宜。
八、企业集团集中进行研究开发的项目，其研发费用分摊需要注意哪些事项？
答：根据《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第十五条、第十六条、第十七条、第十八条和第十九条的规定，企业集团集中进行研究开发的项目，其研发费用分摊需要注意如下事项：
企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间进行分摊。
企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团应提供集中研究开发项目的协议或合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。如不提供协议或合同，研究开发费不得加计扣除。
企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团集中研究开发项目实际发生的研究开发费，应当按照权利和义务、费用支出和收益分享一致的原则，合理确定研究开发费用的分摊方法。
企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团母公司负责编制集中研究开发项目的立项书、研究开发费用预算表、决算表和决算分摊表。
税企双方对企业集团集中研究开发费的分摊方法和金额有争议的，如企业集团成员公司设在不同省、自治区、直辖市和计划单列市的，企业按照国家税务总局的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费；企业集团成员公司在同一省、自治区、直辖市和计划单列市的，企业按照省税务机关的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费。
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