一、认定机构
1. 认定机构组织认定管理工作开展情况，包括工作机制、工作流程、人员分工、会议制度、认定工作成效等；
2. 是否超越国家规定制定地方性认定标准和条件；
3. 在把握认定权限、认定标准、认定范围等方面是否符合相关文件规定；
4. 在认定过程中是否存在违规操作情况，如为提高评分而对同一申请材料进行重复评价等；
5. 对中介机构的选择是否符合规定条件，发现有弄虚作假等行为的，是否已取消其参与认定工作的资格；
6. 专家库的建立及专家的选取是否符合相关要求；
7. 对发生重大变化或更名的高新技术企业资格是否及时按规定条件进行了审核；
8. 是否按《管理办法》第十五条的规定及时取消了相关企业的高新技术企业资格；
9. 是否及时受理、核实并处理了有关举报。
二、中介机构
1. 是否符合规定的条件；
2. 是否按照规定对企业的研究开发费用和高新技术产品（服务）收入进行专项审计；
3. 是否按照规定据实出具专项审计报告，审计结论是否负责、准确、清晰；
4. 审计收费是否符合有关规定。
三、专家
1. 是否符合规定的条件；
2. 是否存在超限（超分、超档）打分的情况；
3. 评价意见与分值是否相符，评价意见是否能真实反映企业情况；
4. 有无违反专家纪律的情况。
四、高新技术企业
1. 是否符合居民企业条件；
2. 是否将所属分支机构与总机构汇总计算相关指标，是否以分支机构单独申报；
3. 提交的知识产权、技术领域、研发活动、产品（服务）收入、研发费用归集、人员等申请材料是否真实、准确、完整，是否符合相关规定；
4. 是否按照规定及时报告了经营业务、生产技术活动等发生的重大变化信息；
5. 更名企业是否按照有关规定及时办理了相关事项。
五、认定条件
（一）核心自主知识产权
1. 核心自主知识产权是否是本企业申报前三年的1月1日起至申报日前获得；以独占许可方式拥有的知识产权是否是全球独占许可，并签订了独占许可协议；高新技术企业的有效期是否在五年以上的独占许可期内；
2. 核心自主知识产权范围是否符合规定要求，是否具有权属证明（授权通知书或授权证书）；
3. 核心自主知识产权是否对企业的主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用。
（二）研发费用归集
1. 企业是否按规定确认研发活动并如实填报《研究开发项目情况表》；
2. 企业是否按规定要求设置研发费用辅助核算帐目，是否按规定分项归集并填写《企业年度研究开发费用结构明细表》；
3. 研发费用占销售收入之比是否符合要求；
4. 企业委托外部研究开发是否符合独立交易原则，是否超标准计入研发费用总额；是否将支付的特许权使用费作为委托外部研究开发费用；
5. 企业是否将接受委托的研发收入计入本企业的研发费用。
（三）高新技术产品（服务）及收入
1. 对企业的主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术是否属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；
2. 收入是否按照规定进行归集，高新技术产品（服务）收入是否达到规定比例；
3. 计入的高新技术产品（服务）收入是否与申报的高新技术产品（服务）相对应。
（四）人员
1. 企业当年职工总数的统计是否符合要求；
2. 科技人员、研发人员的统计、占比是否符合规定；
3. 是否将非本企业人员（不满183天）、本企业非研发人员计入科技人员、研发人员。
六、税收优惠落实情况
1. 是否对已认定企业落实了税收优惠政策；
2. 在执行税收优惠政策过程中，税务机关发现企业不具备高新技术企业资格的，是否提请了认定机构复核，认定机构是否及时组织了复核；
3. 认定机构是否对有关部门的审计、检查发现的问题进行了及时纠正、处理。
本文来源于科技部网站，详情可参见http://www.most.gov.cn/tztg/201301/t20130111_99020.htm，
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